Measurement date December 16, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-10
Digitized points 45 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-10_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:32 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 16, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 45 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-10_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:33 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
3 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
4 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
5 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
6 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
7 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
8 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
9 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
10 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
11 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
12 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
13 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
17 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
18 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
22 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
30 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
31 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
32 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
33 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
34 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
35 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
38 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
41 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
42 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
43 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
44 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
45 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
46 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
47 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
50 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
51 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
52 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
53 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
54 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
55 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
56 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
57 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
58 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
61 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
62 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
63 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
64 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
65 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
71 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
72 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
75 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
76 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
77 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
84 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
85 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
86 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
87 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
88 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
89 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
92 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
93 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
96 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
97 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
98 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
99 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
100 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
101 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
102 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
105 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
106 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
107 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
108 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
109 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
110 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
111 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
114 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
119 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 253 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 56
Explained variance 99.0 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA009
ICA012
ICA051
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
3 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
4 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
5 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
6 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
7 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
8 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
9 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
10 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
11 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
12 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
13 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
17 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
18 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
22 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
30 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
31 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
32 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
33 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
34 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
35 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
38 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
41 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
42 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
43 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
44 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
45 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
46 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
47 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
50 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
51 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
52 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
53 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
54 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
55 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
56 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
57 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
58 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
61 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
62 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
63 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
64 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
65 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
71 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
72 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
75 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
76 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
77 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
84 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
85 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
86 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
87 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
88 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
89 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
92 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
93 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
96 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
97 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
98 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
99 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
100 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
101 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
102 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
105 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
106 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
107 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
108 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
109 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
110 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
111 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
114 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
119 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 36 digitized points to head: 2.39 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found